初代である世良田義季は新田家の棟梁である新田義重の四男として生れ、義重から新田領の内、上野国新田郡世良田郷を与えられ、その地頭に就任した事から、地名に因み「世良田」姓を掲げました。
その後、義季は上野国新田郡得川郷も所領した事から「得川四郎」とも呼ばれるようになり、長子の頼有が得川郷を、二男の頼氏が世良田郷を継承しています。
後裔の世良田政義は南北朝時代に南朝方に与し、後醍醐天皇の孫で、宗良親王の王子である尹良親王に仕えています。
政義は南朝方の武将として信濃国内の各地を転戦し、三河国に進軍しようとしたものの浪合の合戦で敗北し、同地で討死したとされます。
一般的な新田一族の家系図では、政義の子供とされる世良田政親の子孫は記載されておらず、世良田本流家は断絶した事になっていますが、徳川家の家系図によると、政親は三河国に潜伏し、松平郷の有力者だった松平太郎左衛門信重家の入婿となり、松平家の名跡を継いだ事となっています。
この松平家の後裔で、徳川家康の祖父に当たる松平清康が「世良田次郎三郎清康」を名乗り、三河国支配の正統性を主張しています。
家康も当初は世良田姓を掲げていましたが、世良田氏に三河守叙任の前例が無い事から、近衛前久との相談の上、世良田義季が得川四郎と名乗った事を根拠とし「徳川」姓に改姓し従五位下三河守に叙任されています。
以上の事から、世良田の地は徳川将軍家にとっての聖地として重要視されました。
寛永１３年（１６３３）に３代将軍徳川家光が日光東照宮の大造営を行うと、それまでの社殿だった２代将軍徳川秀忠が造営した建物の移転先が計画されました。
寛永１６年（１６３９）に世良田義季が開創した長楽寺を、幕府の重鎮である天海大僧正が臨済宗から天台宗へ改宗開山し、その境内に秀忠が造営した日光東照宮の拝殿と唐門、宝塔を移築、本殿を改めて新営し、寛永２１年（１６４４）に徳川家康の御霊を勧請し、世良田東照宮が創建しています。
世良田東照宮の別当寺院は長楽寺が当たり、幕府は長楽寺に寺領１００石、世良田東照宮に社領２００石、合計３００石を安堵しています。
又、世良田郷の住民を中心に､近隣十数か村の住民は､世良田東照宮の火の番を奉仕する事を条件に、日光例幣使街道の宿場町の助郷を免除されたり､幕府によって開削された神領用水の利用が許可されています。
一方、住民達の境内に入っての参拝は認められず、正月と４月１７日に開催される祭典等、特別な日にだけ御黒門が開かれ、拝殿下の階段前での参拝が許されていました。
以来、世良田東照宮は幕府や歴代徳川将軍家から篤く庇護され、幕末までに行われた大小１５回の社殿の修復工事の費用は全て幕府が賄っています。
諸大名からも信仰の対象となり、正保２年（１６４５）には老中で忍藩主阿部忠秋、宝暦１３年（１７６３）には前橋藩主松平朝矩、寛政８年（１７９６）には川越藩主松平直恒、天保１５年（１８４４）には忍藩主松平忠国がそれぞれ石燈籠を寄進し、明暦４年（１６５８）には曾祖父の秋元長朝の遺志を継いだ秋元喬知が鉄燈籠を寄進しています。
世良田東照宮は隣接する長楽寺と共に社運も隆盛し「お江戸見たけりゃ 世良田にござれ 世良田七宿七小路 お江戸勝りの長楽寺 池に反り橋 下り松」と謡われました。
明治時代初頭に発令された神仏分離令により、明治８年（１８７５）に長楽寺から分離し、仏教色の強い木造多宝塔は売却、明治１０年（１８７７）に村社に列格し、明治１２年（１８７９）に郷社に昇格しています。
世良田東照宮拝殿、唐門、本殿、鉄燈籠、太刀、棟札が貴重な事から国指定重要文化財に、境内一帯は新田荘遺跡として国指定史跡に、板面著色三十六歌仙図は群馬県指定重要文化財に指定されています｡