その際、日本武尊は、妃だった弟橘比売命の形見として、肌身離さず持ち歩いでいた姫の頭髪を見つめ、深く追悼していた姿を見た村人達は深く感動し、日本武尊が当地を離れる際には嘆き悲しんだそうです。
一方、当社の鎮座地は妙義山の中腹に位置し、本殿が無く拝殿が妙義山を形成する金洞山の轟岩の岩肌に張り付くように配されている事から、元々は妙義山を神格化した神とされる「波胡曽神」が祀られていたと推定されています。
又、妙義山周辺の行田村、八城村、二軒在家村、中里村、古立村、行沢村、大牛村、諸戸村、菅原村等には波己曾神社が鎮座し、特に有力な神社は「七波己曾」と呼ばれ、丹生都姫命を奉斎していた事でも知られています。
丹生都姫命の「丹」の字は「朱色の硫化水銀」の意味である事から、妙義山周辺が「丹」の産地でその守護神だった可能性や、丹生都姫命は水神でもある事から、妙義山は麓の村々が生活で利用する水の水源地として信仰されていた可能性があります。
現在は境内社である三丹生山王子稲荷神社に丹生都姫命が祀られているそうです。
その後、欽明天皇の御代に妙形氏が社殿を造営したとされ、その時に本格的な神社として境内が整備されたと思われます。
妙形氏についての詳細は不詳ですが、当初の御神体と思われる妙義山と「妙」の字が同じ事から、妙義山を修行の場とする修験僧か、当地を治める土豪だったのかも知れません。
ただし、妙義山は当初、「はこその山」と呼ばれていたようで、その後、神仏習合し、後醍醐天皇に仕えた権大納言長親卿が、奇岩怪石が多く、山容が高く大きくそびえる様の意味である「明々巍々」から「明巍」と名付け、それが転じて「妙義」となったと云われている事から、由緒は室町時代以降に成立したと思われます。
境内に鎮座している当社の前宮である甲子大国神社は弘仁２年（８１１）、藤原冬嗣と弘法大師空海が妙義山を登拝した際に、大国主命の御霊を勧請し開創したと伝わる神社です。
これは、中之嶽神社の山号である金銅山が真言宗醍醐派の醍醐寺三宝院御門跡から賜った事から、真言宗の開祖である弘法大師空海が由緒に組み込まれたと思われます。
一方、藤原冬嗣も真言宗と関係が深く、冬嗣の発願によって大坂に藤次寺という真言宗の寺院を開創しています。
当時の畿内では天台宗と真言宗が台頭していましたが、桓武天皇の側近だった冬嗣は真言宗の方が密教としては体系的で、旧仏教勢力との調整も容易だった事から重要視したと考えられています。
何れにしても真言密教に関係が深い２人を開創した由緒を創り上げる事で権威付けを図ったようです。
その後、寿永元年（１１８２）に藤原祐胤が日本武尊の遺跡を伝える為、社殿を再建し、鍛冶の名工に依頼して神剣を奉納しています。
正平５年（１３５０）には藤原冬房の弟である無夢上人が当社に入り祠堂を守護したとされます。
その後、衰微しましたが、元和３年（１６１７）に小田原北条氏の家臣だった加藤長清が長く当地の岩穴に住み着いて修行を重ね、随時社殿を再建し境内の整備を行っています。
織田家が小幡藩の藩主に就任すると崇敬庇護され、領内総鎮守に定められ、別当寺院として中之嶽巌高寺が創建されています。
特に３代藩主織田信久が篤く帰依し、社殿の改築や、中之嶽奉行を設け、社領の寄進を行っています。
享保５年（１７２０）５月には嵯峨御所より十六葉菊御紋付の幕、提灯を賜り、織田家の移封後に新たに小幡藩主となった松平家も引き続き、社殿や境内の整備、視察に訪れるなど、篤く庇護しています。
天和３年（１８６３）には当時の巌高寺の住職である長義が妙義神社の別当寺院である石塔寺の末寺「菅応寺」の由緒に白雲衣山中嶽と記され、当社の本来の山号は白雲衣山である事から、当社の祭神は白雲衣権現と主張し「白雲衣妙義」を掲げて布教活動を行いました。
すると、妙義神社の祭事を司っている江戸東叡山寛永寺内の元光院から訴えられ、幕府の社寺奉行の裁定の結果、敗訴しています。
明治時代初頭に発令された神仏分離令により仏教色が一掃され､村社に列格しています。
中之嶽神社は金運上昇、商売繁昌、厄除け、病気平癒、交通安全、縁結び、開運等に御利益があるとして信仰され、特に当社を中興した加藤長清が１４８歳の長寿だった事から、健康長寿に御利益があるとして、その御神徳を求めて多くの参拝者が訪れています。
一方、甲子大国神社は社号の「甲子」から甲子園野球場が想起される為、多くの高校球児達が参拝に訪れるそうです。
境内の長清道士之碑は安永７年（１７７８）に当時の巌高寺の住職である慈海和尚の依頼を受けた高橋道斎の書、内容は当社を中興した加藤長清の没後１００年の追善供養を兼ねた長清の半生を記して建立されたもので、下仁田町指定文化財に指定されています｡