その後、用明天皇の御代に社殿が造営され、神社としての体裁が整えられています。
詳細は不詳ですが、当初は榛名山の東南麓に鎮座していたようで、そこを根拠地とする古代豪族が奉斎していたと推定されています。
一説にはその豪族は豊城入彦命の８世の子孫、射狭君の末裔である車持氏だったとも云われ、上野国群馬郡は７世紀末まで「車評」であったことが判明しています。
豪族が没落し、当社が神仏習合すると、奇岩怪石が点在する修験僧が修行の場として相応しい現在地に遷座したと思われます。
９世紀頃には既に当地に遷座していた可能性が高く、境内からは９世紀の遺物である仏像や仏具が発掘されています。
榛名神社は格式が高く延喜式神名帳には式内社として記載され、上野国六之宮に格付けられています。
建久元年一二月日付の上野国留守所下文によると、境内地のある榛名山は鎮護国家を祈願する霊地で、日本の律令制下の令外官の役人である検非違使と、国府・関所などを警固した兵士である健児が境内に入る事を禁止しています。
承元４年（１２１０）に別当寺院である榛名寺の初代座主に藤原道長の後裔とされる快良が就任し、その後は子孫が座主を歴任したとされます。
南北朝時代に編纂された「神道集」の「上野国九ケ所大明神事」によると「六宮ヲハ春名満行権現ト申ス、本地ハ地蔵菩薩也」と記されている事から、当時の祭神は春名満行権現と呼ばれ、本地仏として地蔵菩薩が奉斎されていた事が窺えます。
満行は朝廷の高級官僚でしたが、政争に破れ無罪の罪で上野国に流罪になった為、絶望のあまり榛名湖に身投げをしたそうです。
すると、満行は大蛇に変化し、恨みを晴らすために都の内裏に飛び帰り、雷神となって帝に祟ったと伝えられています。
上記の故事から、春名満行権現は水神と雷神の御神徳がある神として信仰され、雨乞いや五穀豊穣の祈祷が行われています。
南北朝時代に榛名山の執行職を担った頼印は、幼少時に鎌倉鶴岡八幡宮の別当頼仲に仕え、当山の南朝勢力を一掃し北朝方に纏めあげた事で足利将軍家から信任を得る事が出来ました。
当社は足利将軍家の後ろ盾を背景に社運を隆盛させ、最盛期には山内に三千坊を有する一大霊場が形成されました。
当時の社領は石神や石津、毛呂田、中山、三倉、花香塚に及び、鎌倉公方足利家からも庇護を得ています。
その後は当地を支配した領主から禁制が発給される等、保護を受けますが、次第に衰微し、戦国時代にはかなり荒廃していたとされます。
江戸時代に入ると再興が図られ、慶長１９年（１６１４）には天台宗の高僧で、江戸幕府の重鎮だった天海僧正により巌殿寺として中興しています。
その際、徳川将軍家の菩提寺である東叡山寛永寺の支配下に組み込まれ、学頭として光明寺、別当寺院として満行院に定められています。
山内には中之坊、実相院、金剛院、満福院、円乗院の五院が境内を構え、江戸時代中期以降は一般庶民にも行楽嗜好が高まり、各地で榛名講が結成されると、当社所属の御師が彼らを門前町まで導き活況を呈しました。
明治時代初頭に発令された神仏分離令と修験道廃止令により、仏教色を廃止し、社号を榛名神社に改め、県社に列格しています。
廃仏毀釈の際には、多くの仏像や仏具が焼き払われ、堂宇も破却、三重塔も二層部と三層部が破却される予定でしたが、何故か変更され神宝殿に名称を変更し現存しています。
その他にも、仁王門が随身門、本地堂が国祖社に変更する事で榛名神社の施設として存続が許され、６棟の建物が国指定重要文化財に指定されています｡
特に主祭神が火産霊神である事から鎮火、開運、五穀豊穣、商売繁盛に御利益が、埴山毘売神である事から縁結びに御利益が、合祀されている神の１柱として木花開耶姫である事から安産に御利益があるとして現在でも多くの参拝者が訪れています。