三浦氏は桓武平氏一族の後裔で、古くから三浦半島一帯を支配していましたが、戦国時代に小田原城の城主北条早雲の台頭により領内が侵攻され永正９年（１５１２）には居城である相州岡崎城が攻められています。
当時の城主三浦道寸義同は岡崎城を放棄し支城の住吉城に立て籠もるも、こちらも落城し子供の三浦荒次郎義意が城主を務める新井城に入りました。
新井城は要害堅固の堅城で、北条勢の猛攻を３年間凌いでいましたが永正１３年（１５１６）兵糧も尽きた為、城を打って出たもの敗北を喫し義同は自刃しています。
残された三浦荒次郎義意は単騎で北条方の大軍に攻めかかり白樫の八角棒を振り回し５００の兵を討ち取ったものの最後は力尽き自刃しています。
義意の首は現在の境内付近にあった松の大木の枝に吊るされ３年間目を見開き通行人に睨みを効かせていました。
目があった通行人は具合が悪くなったり死亡する人が続出した為、久野総世寺の忠室和尚が義意の霊を慰めました。義意はこれよりこの地の守護神になると告げ成仏した為、忠室和尚は祠を建立し義意の霊を祀ったのが居神神社の起こりとされています。
又、境内にある古碑群は五輪塔線刻碑（塔の高さ：５１．１cm･五輪塔の高さ３６．４cm）、五輪塔線刻碑（塔の高さ７０．０cm・五輪塔の高さ４４．０cm）、五輪塔陽刻碑（塔の高さ６７．５cm・五輪塔の高さ４２．５cm）、文保元年銘板碑（文保元年：塔の高さ１４０．０cm・巾４２．５cm）、元亨二年銘板碑（元亨二年：塔の高さ１４０．０cm・巾５１．５5cm）で構成されているもので貴重な事から昭和３２年（１９５７）に小田原市指定重要文化財に指定されています。
居神神社拝殿は木造平屋建て、入母屋、銅瓦棒葺き、平入、桁行３間、正面１間唐破風向拝付、外壁は真壁造り板張り。