しかし、当時の豊臣政権は秀吉の死によって混迷し、実力者だった徳川家康が禁止されていた諸大名との縁組を重ねて勢力を拡大し、反体制力を排斥していました。
前田利家は、唯一、家康の台頭に対抗出来る存在でしたが、その死によって家康の横暴は目に余る程だったとされます。
利家の跡を継いだ前田利長は、利家の遺言を愚直に遂行しようと奮闘したものの、それが家康から敵視され、「利長が家康の暗殺を計画している」との讒言により前田家排斥が決定されます。
利長は、それに抗う事が出来ず、家康に臣従する事を決め、利家の正室で、利長の母親である芳春院（まつ）と利家の五男、前田利孝を人質として江戸に送っています。
このような情勢の中、家康と対立していた利家の御霊を祭る神社を創建する事は、徳川家から再び敵視される可能性がありました。
一方、神社を創建しなければ、一族や家臣、領民達への示しが付かず、後継者として資質が問われかねない可能性がありました。
そこで、利長は一計を案じ、守山城主を担っていた際、自らが崇敬していた越中国射水郡に鎮座し式内社だった物部八幡宮と、越中国氷見郡に鎮座していた榊葉神明宮から祭神を勧請し、金沢城の鬼門に当たる卯辰山の麓に社殿が造営されました。
表向きは両神を祭り、社号も卯辰山八幡宮と号しましたが、密かに利家の御霊を合祀して奉斎するようになっています。
金沢城下に鎮座し、吉田神道である小坂神社と神明宮、椿原天満宮、安江八幡宮と共に金沢五社に数えられ、祭祀料は藩士の禄高に応じてを負担しています。
その後は、歴代藩主の祈祷所として篤く崇敬庇護され、前田家５代当主前田綱紀が疱瘡を患った際には、境内の井戸から御神水を汲み上げ、それに酒を加えて煮沸し「酒湯」にして患部にかけると、不思議と平癒したと伝えられています。
明治４年（１８７１）に廃藩置県が執行されると、外護者だった金沢藩が廃藩になった事から衰微しました。
それを憂いた、旧加賀藩士や旧領所縁の人々が、明治５年（１８７２）に藩祖である前田利家の御霊を祭る神社の創建を出願しています。
明治６年（１８７３）にその許可が下りると現在地に社殿を造営し、利家の御霊を卯辰山八幡宮から遷座、社号を尾山神社に改め郷社に列格し、明治７年（１８７４）に県社に昇格しています。
明治１０年（１８７７）に明治天皇の北陸巡幸で、金沢に御駐輦した際、御幣物が奉納され、その後も数回にわたり御幣帛が下賜されています。
明治１２年（１８７９）には前田家２代当主前田利長と３代当主前田利常の御霊が相殿に勧請され、同年に歴代加賀藩主前田家の御霊を祭る金谷神社が尾山神社の摂社として創建されています。
明治３５年（１９０２）に昇格請願運動が実って別格官幣社に昇格し、平成１０年（１９９８）に芳春院の御霊が勧請合祀されています。
神門は長谷川準也と大塚志良が計画し、明治８年（１８７５）に造営された建物で、棟梁は長谷川家の御用大工である津田吉之助が担当しています。
構造は三層和洋折衷楼門、一層目は石造洋風三連アーチ付、二層目木造和風、三層目は金沢近海を通る舟の灯台の役割を持ったとされ、宝形造り開口部色ガラス、日本最古の避雷針付き。
尾山神社神門は貴重な事から国指定重要文化財に指定されています｡
尾山神社は社宝が多く、朱塗台雲龍金蒔絵鞘付の太刀と脇指刀が国指定重要文化財、前田家から寄進された能面２４面が貴重な事から金沢市指定文化財に指定されています。
庭園は江戸時代末期頃に金沢城の二之丸に前田家の別邸である金谷御殿の庭園として作庭された池泉回遊式庭園で、池には笙島、鳥兜島、琵琶島が配され、図月橋、琴橋、八ツ橋などの橋が架けられ島々を巡られるように構成されています。
尾山神社庭園は江戸時代末期の大名別邸の書院庭園の遺構として貴重な事から石川県指定名勝に指定されています。
東神門は江戸時代中期頃に金谷御殿の門として建てられた建物で、金沢城が廃城になると、卯辰山に開創された招魂社の神門として移築され、昭和３８年（１９６３）に現在地に再移築されました。
構造は向唐門、桟瓦葺、一間一戸、間口３．５ｍ、龍や雲、加賀梅鉢などの精緻な彫刻が施され、貴重な事から国登録有形文化財に登録されています。