菅生神社は景行天皇の御代に日本武尊が菅生河畔から矢を放ち、神風に導かれ当地に突き刺さった事から聖地あると悟り、伊勢神宮から御霊を勧請し開創したと伝えられています。
神亀２年には神託が下り山城国より稲荷大明神を観請、さらに永正１４年に菅生川が氾濫し上流の額田郡宮崎に鎮座していた牛頭天王が流され当地に漂着した事から神意と悟り、永正１５年に中山庄土村の天野法掃部助正家と麻生村の天野彌九郎隆正が社殿が造営し菅生天王社と号しました。
その後は歴代岡崎城主から崇敬庇護され、大永３年には松平信貞が境内に末社となる十二柱を勧請、永禄９年には徳川家康が社殿を再建しています。
天正１８年に徳川家は関東に移封になった為、新たに豊臣系大名である田中吉政が入封、天正１９年に吉政が岡崎城を拡張整備した際に社領を安堵せず、社地も削られ衰微しました。
慶長５年に発生した関ヶ原合戦の結果、東軍に与し大功を挙げた田中吉政は柳川藩３２万石で移封となり、代わって岡崎城の代官となった伊奈備前守忠次から社領２石６斗６升が安堵されています。
慶長１５年に菅生川の大洪水により社殿が流され、亀井戸稲荷社の境内に漂着した事から稲荷社と合祀する事になり、その後は、岡崎城内殿橋東側の地で再興が計られています。
元和８年には磐城平藩の藩主内藤佐馬助政長が祖先が三河国に在した時代に産土神として帰依していた事から社殿を造営しています。
その後は歴代岡崎藩主から庇護を受け、寛永１５年に本多忠利が本殿を修復し石鳥居を寄進、宝暦３年に水野織部正忠任が本殿を修復、明和５年に松平周防守康福が社殿を修復、寛政１１年には本多中務大輔忠顕が覆屋を造営しています。
明治時代初頭に発令された神仏分離令により仏教色が一掃され、社号を菅生神社に改め、明治５年に村社に列格しています。
明治９年に岡崎公園内の龍城神社境内に遷座し、明治２３年に 殿橋東側に再遷座、明治３４年に現在地に境内を遷しています。
祭神は天照皇大神、豊受姫命、須佐之男命、菅原道真公、徳川家康公。