私市党の祖先は古代の私市部（現在の埼玉県北埼玉郡騎西町）の伴造を担っていたとされ、その後裔は私市部領使を歴任し、私市家盛は武蔵権守に抜擢されたと伝えられています。
その後は埼玉郡騎西付近を本拠地とした在庁官人級領主として長く当地を支配した為、当社も篤く遇されたと思われます。
吾妻鏡によると建久５年（１１９４）に源頼朝が豊受大神宮に大河土御厨を寄進した事で、当社の神人とトラブルとなり激しく争った事から、頼朝は二階堂掃部允行光を派遣させ収拾を計った事が記されています。
応永元年（１４６７）に伊豆国田方郡宇佐美荘（現在の静岡県伊東市）を本貫地とする宇佐見三郎重之が足利将軍家から武州国前玉郡木崎を与えられると、改めて伊豆国加茂郡三島神社の御霊を勧請合祀し、当地の鎮守として太刀を奉納し社殿を造営したと伝えられています。
その後は越ヶ谷町、花田村、四町野村、神明下村、瓦曾根村、谷中村、豊三新田村(七左衛門村等)の総鎮守、近郷第一の大社として信仰を広めました。
天正１８年（１５９０）に徳川家康が関東に入封すると庇護を受け、天正１９年（１５９１）に社領５石が安堵されています。
江戸時代に入ると四町野村(現在の埼玉県越谷市宮本町)に境内を構える迎摂院が別当寺院として祭祀を司るようになります。
又、元荒川対岸に、徳川将軍家が領内視察や鷹狩で当地を訪れた際に宿所や休憩所として利用していた越ケ谷御殿があった事から、其の都度当社を参拝していたと思われ神紋として「立葵」を掲げる事が許されています。
江戸時代まで神仏習合していましたが、明治時代初頭に発令された神仏分離令により仏教色を一掃し、明治６年（１８７３）に郷社に列格しています。
越谷久伊豆神社本殿は寛政元年（１７８９）に造営された建物で、三間社流造、瓦棒銅板葺、桁行３間、梁間２間、外壁は真壁造り板張り、三方縁側高欄付、左右脇障子付、二重虹梁大瓶束、二重垂木、「造形の規範となっているもの」との登録基準を満たしている事から国登録有形文化財に登録されています。
越谷久伊豆神社神楽殿は明治時代前期に造営された建物で、木造平屋建て、入母屋、銅板葺き、妻入り、外壁は三方吹き放し、背面真壁造り板張り、舞台部三方刎高欄付、左右脇障子付、「国土の歴史的景観に寄与しているもの」との登録基準を満たしている事から国登録有形文化財に登録されています。
越谷久伊豆神社手水舎は江戸時代末期に造営された建物で、木造平屋建て、入母屋、瓦棒銅板葺、左右軒唐破風、桁行１間、梁間１間、外壁は四方吹き放し、二軒繁垂木、随所に登竜門等の精緻な彫刻、「造形の規範となっているもの」との登録基準を満たしている事から国登録有形文化財に登録されています。
久伊豆神社の藤は推定樹齢２００年、当初は下総国（現在の千葉県）流山にありましたが、天保８年（１８３７）に越ヶ谷町の住人だった川鍋国蔵が境内に移植したもので、樹高２．７ｍ、根回り７ｍ、枝張東西２０ｍ、南北３０ｍ、貴重な事から埼玉県指定天然記念物に指定されています。
江戸時代後期には久保田藩士で国学者として名を馳せた平田篤胤が当地出身の門人である山崎篤利を度々訪れ為、当社の境内に仮寓を設けたとされ、その跡地が貴重な事から名称「平田篤胤仮寓跡」として埼玉県指定史跡に指定され、昭和１７年（１９４２）には 「 平田篤胤先生遺徳之碑 」が建立されています。
又、平田篤胤が文政３年（１８２０）に奉納した「天之岩戸開」の大絵馬は貴重な事から名称「平田篤胤奉納大絵馬」として越谷市指定文化財に指定されています｡
境内は神域だった事から古木大木が多く、特にスダジイ林を中心とした当地の原植生を留め、貴重な事から名称「久伊豆神社社叢」として越谷市指定天然記念物に指定されています。
当社が所有する懸仏は富士山と大日如来を型取った円形銅板のもので貴重な事から越谷市指定文化財に指定されています｡
三野宮村（現在の埼玉県越谷市大字三野宮）出身の三ノ宮卯之助は日本一の怪力を持った人物として知られ、各地で力自慢を見世物とした興行を行っており、所縁のある社寺には「三ノ宮卯之助」の銘が刻まれた力石が奉納されています。
当社には「奉納天保二辛卯年四月吉日 五十貫目 三ノ宮卯之助持之 本庁 會田権四郎」と刻まれた力石が残されており、貴重な事から名称「三ノ宮卯之助銘の力石」として越谷市指定文化財に指定されています｡
嘉永２年（１８４９）に境内に建立された「越谷吾山句碑」は越谷町出身の俳人・国学者である越谷吾山が当地を離れ江戸に向かった際に詠んだ「出る日の旅のころもやはつかすみ」が刻まれたもので貴重な事から越谷市指定文化財に指定されています｡